IMN530/IMN708 – Reconstruction et analyse d’images médicales

Sommaire

Session: Automne 2017
Professeur: Maxime Descoteaux
Période de cours:

Mardi 15h30-17h20 (Lab D4-0023 si annoncé)

 

Jeudi 13h30-14h20 (Lab D4-0023 si annoncé)

Absences: 10 au 15 septembre,
11 au 20 octobre,21 au 25 novembre
Période de disponibilités Sur demande
Plan de cours ici

 

Notes et support de cours

00: Plan du cours et introduction   Data Mise en forme à faire à la maison
01: Image, qualité, bruit et débruitage Démo format d’image  Démo rehaussement et débruitage
02: Modalités et reconstructions Démo tomographieRadon math Notes extra: IRMultrason
03: Recalage, features et fusion d’images  Extras: Bernier MSc - Notes ANTS Application en epilepsie
04: IRM fonctionnelle et EEG   Cours de Pr. Whittingstall
05: IRM de diffusion et tractographie  Notes IRMd
06: Segmentation, classification et détection [cours 2013]  Démo segmentation 2013  Notes extra: GraphCutSpectralClustering
07: Visualisation avancée

 

Travaux Pratiques

TP0 – Mise en forme et rappel mathématiques  PDF Data
TP1 – Modalité d’imagerie médicale, bruit et débruitage PDF  Data 
TP2 – Recalage 
TP3 – Traitement et visu avancés: Fusion IRM de diffusion et fonctionnelle(vous pouvez commencer)

 

Sites Web et liens vers d’autres cours en traitement d’images et imagerie médicale

Analyse d’Images Pierre-Marc Jodoin, Université de Sherbrooke, Canada
Outils Mathématiques du Traitement d’Images Maxime Descoteaux, Université de Sherbrooke, Canada
Numerical Tour of Signal Processing Garbiel Peyré, Université Dauphine, France
Methods in Medical Image Analysis Carnegie Mellon University, USA
Master 2 SIS Pro – Imagerie médicale Julien Lefèvre, LSIS – UMR CNRS 6168, Marseille, France
Lectures: cours sur la microscopie Leonid Volkov, Centre de Recherche Clinique Étienne Le Bel, Sherbrooke
Lectures: cours sur l’IRM Alexandre Gramfort, Paris, France
Lectures: cours sur l’IRM, TEP et EEG/MEG Pierre Maurel, Rennes, France
Lectures: cours sur les Rayons XCT-scan, maillage surfacique Michel Audette, Old Dominion University, USA
Lectures: cours sur la  morphologie mathématique Olivier Coulon, Marseille, France
Cours  Python, Numpy, Imaging 2015 Eleftherios Garyfallidis, Indiana University, USA

 

Autres sites/documents utiles

MI-Brain: Viewer pour la tractographie et neuroimagerie.
Fiji / ImageJ (Viewer + toolbox pour l’imagerie médicale)
scikit-image (Librairie python pour l’analyse d’images)
Tutoriel python
ANTS registration (le PDF de documentation est super!)
Guide Latex