SCIL

Sherbrooke Connectivity Imaging Lab

IMN530 / IMN708 - Reconstruction et analyse d'images médicales

Sommaire

Session: Automne 2018
Professeur: Maxime Descoteaux
Période de cours: Mardi 15h30-17h20
Jeudi 13h30-14h20
Absences: 5 semaines de paternité
24 septembre – 5 novembre
Période de disponibilités Sur demande
Plan de cours ici

Notes et support de cours

00: Plan de cours et introduction Data Mise en forme à faire à la maison
01: Image, qualité, bruit et débruitage Démo format d'image Démo rehaussement et débruitage
02: Modalités et reconstructions Démo tomographie, Radon math Notes extra: IRM, ultrason
03: Recalage, features et fusion d’images Extras: Bernier M.Sc. Notes ANTS Application en epilepsie
04: IRM fonctionnelle et EEG Cours de Pr. Whittingstall
05: IRM de diffusion et tractographie Book chapter on diffusion Autre chapitre de livre, Demo Function Sphérique
06: Cours Dr Bocti (neurologue) TMS (Jasmeen Sidhu)
07: Conclusion

Travaux Pratiques

TP0 – Mise en forme et rappel mathématiques – Rien à remettre PDF Data
TP1 – Modalité d’imagerie médicale, bruit et débruitage – À remettre avant le 23 septembre PDF Data
TP2 – Recalage PDF Data
TP3 – Traitement et visu avancés: Fusion IRM de diffusion et fonctionnelle PDF Data

Sites Web et liens vers d’autres cours en traitement d’images et imagerie médicale

Analyse d’Images Pierre-Marc Jodoin, Université de Sherbrooke, Canada
Outils Mathématiques du Traitement d’Images Maxime Descoteaux, Université de Sherbrooke, Canada
Numerical Tour of Signal Processing Garbiel Peyré, Université Dauphine, France
Methods in Medical Image Analysis Carnegie Mellon University, USA
Master 2 SIS Pro – Imagerie médicale Julien Lefèvre, LSIS – UMR CNRS 6168, Marseille, France
Lectures: cours sur la microscopie Leonid Volkov, Centre de Recherche Clinique Étienne Le Bel, Sherbrooke
Lectures: cours sur l’IRM Alexandre Gramfort, Paris, France
Lectures: cours sur l'IRM, TEP et EEG/MEG Pierre Maurel, Rennes, France
Lectures: cours sur les rayons X, CT-scan, maillage surfacique Michel Audette, Old Dominion University, USA
Lectures: cours sur la morphologie mathématique Olivier Coulon, Marseille, France
Cours Python, Numpy, Imaging 2015 Eleftherios Garyfallidis, Indiana University, USA
Cours Segmentation, classification et détection [cours 2013] Démo segmentation 2013 Notes extra: GraphCut, SpectralClustering

Autres sites/documents utiles

MI-Brain: Viewer pour la tractographie et neuroimagerie.
Fiji / ImageJ (Viewer + toolbox pour l’imagerie médicale)
scikit-image (Librairie python pour l’analyse d’images)
Tutoriel python
ANTS registration (le PDF de documentation est super!)
Guide Latex