SCIL

Sherbrooke Connectivity Imaging Lab

IMN530 / IMN708 - Reconstruction et analyse d'images médicales

Sommaire

Session: Automne 2020
Professeur: Maxime Descoteaux
Assistant: Antoine Théberge
Période de cours: Jeudi 8h00-09h50 (D4-2011)
vendredi 13h00-13h50 (D3-2040)
Absences: Aucune
Période de disponibilités Sur demande
Plan de cours PDF

Notes et support de cours

00: Introduction Data Mise en forme à faire à la maison
01: Image, qualité, bruit et débruitage Démo format d'image Démo rehaussement et débruitage
02: Modalités et reconstructions Démo tomographie, Radon math Notes extra: IRM, ultrason
03: Recalage, features et fusion d’images Extras: Bernier M.Sc. Notes ANTS Tutoriel , Videos
04: IRM fonctionnelle et EEG Cours de r. Whittingstall
05: IRM de diffusion et tractographie Book chapter on diffusion Autre chapitre de livre, Demo Function Sphérique
06: Cours Dr Bocti (neurologue) TMS (Jasmeen Sidhu)
07: Conclusion

Travaux Pratiques

TP0 – Mise en forme et rappel mathématiques – Rien à remettre PDF Data
TP1 – Modalité d’imagerie médicale, bruit et débruitage PDF PDF pour les non-informaticiens Data
TP2 – Recalage PDF PDF pour les non-informaticiens Data
TP3 – Traitement et visu avancés: Fusion IRM de diffusion et fonctionnelle PDF Data TP3 – IRMd et IRMf pour les non-informaticiens PDF Data

Sites Web et liens vers d’autres cours en traitement d’images et imagerie médicale

Analyse d’Images Pierre-Marc Jodoin, Université de Sherbrooke, Canada
Outils Mathématiques du Traitement d’Images Maxime Descoteaux, Université de Sherbrooke, Canada
Numerical Tour of Signal Processing Garbiel Peyré, Université Dauphine, France
Master 2 SIS Pro – Imagerie médicale Julien Lefèvre, LSIS – UMR CNRS 6168, Marseille, France
Lectures: cours sur la microscopie Leonid Volkov, Centre de Recherche Clinique Étienne Le Bel, Sherbrooke
Lectures: cours sur l’IRM Alexandre Gramfort, Paris, France
Lectures: cours sur l'IRM, TEP et EEG/MEG Pierre Maurel, Rennes, France
Lectures: cours sur les rayons X, CT-scan, maillage surfacique Michel Audette, Old Dominion University, USA
Lectures: cours sur la morphologie mathématique Olivier Coulon, Marseille, France
Cours Python, Numpy, Imaging 2015 Eleftherios Garyfallidis, Indiana University, USA
Cours Segmentation, classification et détection [cours 2013] Démo segmentation 2013 Notes extra: GraphCut, SpectralClustering

Autres sites/documents utiles

MI-Brain: Viewer pour la tractographie et neuroimagerie.
Fiji / ImageJ (Viewer + toolbox pour l’imagerie médicale)
scikit-image (Librairie python pour l’analyse d’images)
Tutoriel python
ANTS registration (le PDF de documentation est super!)
Guide Latex