Sommaire |
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Session: | Automne 2020 |
Professeur: | Maxime Descoteaux |
Assistant: | Antoine Théberge |
Période de cours: |
Jeudi 8h00-09h50 (D4-2011) vendredi 13h00-13h50 (D3-2040) |
Absences: | Aucune |
Période de disponibilités | Sur demande |
Plan de cours |
Notes et support de cours |
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00: Introduction | Data | Mise en forme à faire à la maison | |
01: Image, qualité, bruit et débruitage | Démo format d'image | Démo rehaussement et débruitage | |
02: Modalités et reconstructions | Démo tomographie, Radon math | Notes extra: IRM, ultrason | |
03: Recalage, features et fusion d’images | Extras: Bernier M.Sc. Notes ANTS | Tutoriel , Videos | |
04: IRM fonctionnelle et EEG | Cours de r. Whittingstall | ||
05: IRM de diffusion et tractographie | Book chapter on diffusion | Autre chapitre de livre, Demo Function Sphérique | |
06: Cours Dr Bocti (neurologue) | TMS (Jasmeen Sidhu) | ||
07: Conclusion |
Travaux Pratiques |
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TP0 – Mise en forme et rappel mathématiques – Rien à remettre | Data | ||||||
TP1 – Modalité d’imagerie médicale, bruit et débruitage | PDF pour les non-informaticiens | Data | |||||
TP2 – Recalage | PDF pour les non-informaticiens | Data | |||||
TP3 – Traitement et visu avancés: Fusion IRM de diffusion et fonctionnelle | Data | TP3 – IRMd et IRMf pour les non-informaticiens | Data |
Sites Web et liens vers d’autres cours en traitement d’images et imagerie médicale |
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Analyse d’Images | Pierre-Marc Jodoin, Université de Sherbrooke, Canada |
Outils Mathématiques du Traitement d’Images | Maxime Descoteaux, Université de Sherbrooke, Canada |
Numerical Tour of Signal Processing | Garbiel Peyré, Université Dauphine, France |
Master 2 SIS Pro – Imagerie médicale | Julien Lefèvre, LSIS – UMR CNRS 6168, Marseille, France |
Lectures: cours sur la microscopie | Leonid Volkov, Centre de Recherche Clinique Étienne Le Bel, Sherbrooke |
Lectures: cours sur l’IRM | Alexandre Gramfort, Paris, France |
Lectures: cours sur l'IRM, TEP et EEG/MEG | Pierre Maurel, Rennes, France |
Lectures: cours sur les rayons X, CT-scan, maillage surfacique | Michel Audette, Old Dominion University, USA |
Lectures: cours sur la morphologie mathématique | Olivier Coulon, Marseille, France |
Cours Python, Numpy, Imaging 2015 | Eleftherios Garyfallidis, Indiana University, USA | Cours Segmentation, classification et détection [cours 2013] | Démo segmentation 2013 Notes extra: GraphCut, SpectralClustering |
Autres sites/documents utiles |
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MI-Brain: Viewer pour la tractographie et neuroimagerie. |
Fiji / ImageJ (Viewer + toolbox pour l’imagerie médicale) |
scikit-image (Librairie python pour l’analyse d’images) |
Tutoriel python |
ANTS registration (le PDF de documentation est super!) |
Guide Latex |