Sommaire |
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| Session: | Automne 2019 |
| Professeur: | Maxime Descoteaux |
| Période de cours: |
Jeudi 8h30-10h20 Jeudi 15h30-16h20 |
| Absences: | Aucune |
| Période de disponibilités | Sur demande |
| Plan de cours | ici |
Notes et support de cours |
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| 00: Plan de cours et introduction | Data | Mise en forme à faire à la maison | |
| 01: Image, qualité, bruit et débruitage | Démo format d'image | Démo rehaussement et débruitage | |
| 02: Modalités et reconstructions | Démo tomographie, Radon math | Notes extra: IRM, ultrason | |
| 03: Recalage, features et fusion d’images | Extras: Bernier M.Sc. Notes ANTS | Tutoriel | |
| 04: IRM fonctionnelle et EEG | Cours de Pr. Whittingstall | ||
| 05: IRM de diffusion et tractographie | Book chapter on diffusion | Autre chapitre de livre, Demo Function Sphérique | |
| 06: Cours Dr Bocti (neurologue) | TMS (Jasmeen Sidhu) | ||
| 07: Conclusion | |||
Travaux Pratiques |
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| TP0 – Mise en forme et rappel mathématiques – Rien à remettre | Data | ||||||
| TP1 – Modalité d’imagerie médicale, bruit et débruitage | PDF pour les non-informaticiens | Data | |||||
| TP2 – Recalage | PDF pour les non-informaticiens | Data | |||||
| TP3 – Traitement et visu avancés: Fusion IRM de diffusion et fonctionnelle | Data | TP3 – IRMd et IRMf pour les non-informaticiens | Data | ||||
Sites Web et liens vers d’autres cours en traitement d’images et imagerie médicale |
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| Analyse d’Images | Pierre-Marc Jodoin, Université de Sherbrooke, Canada |
| Outils Mathématiques du Traitement d’Images | Maxime Descoteaux, Université de Sherbrooke, Canada |
| Numerical Tour of Signal Processing | Garbiel Peyré, Université Dauphine, France |
| Methods in Medical Image Analysis | Carnegie Mellon University, USA |
| Master 2 SIS Pro – Imagerie médicale | Julien Lefèvre, LSIS – UMR CNRS 6168, Marseille, France |
| Lectures: cours sur la microscopie | Leonid Volkov, Centre de Recherche Clinique Étienne Le Bel, Sherbrooke |
| Lectures: cours sur l’IRM | Alexandre Gramfort, Paris, France |
| Lectures: cours sur l'IRM, TEP et EEG/MEG | Pierre Maurel, Rennes, France |
| Lectures: cours sur les rayons X, CT-scan, maillage surfacique | Michel Audette, Old Dominion University, USA |
| Lectures: cours sur la morphologie mathématique | Olivier Coulon, Marseille, France |
| Cours Python, Numpy, Imaging 2015 | Eleftherios Garyfallidis, Indiana University, USA | Cours Segmentation, classification et détection [cours 2013] | Démo segmentation 2013 Notes extra: GraphCut, SpectralClustering |
Autres sites/documents utiles |
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| MI-Brain: Viewer pour la tractographie et neuroimagerie. |
| Fiji / ImageJ (Viewer + toolbox pour l’imagerie médicale) |
| scikit-image (Librairie python pour l’analyse d’images) |
| Tutoriel python |
| ANTS registration (le PDF de documentation est super!) |
| Guide Latex |